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ネットショップの入金が合わない原因と月次の照合手順

BASEやStripeの「入金額」と「売上」が合わない——その多くは手数料と返金が原因です。会計ソフトに入れる前に月次でズレを見つける手順をまとめました。

  • ファイナンス
  • 最終更新 2026-08-13
  • 読了目安 約7分
  • 8 セクション
ノートパソコンと書類、電卓が並ぶ事務作業の机

「今月の売上は30万円のはずなのに、口座に入ってきたのは26万円」——ネットショップを運営していると、売上と実際の入金がズレる場面によく出会います。これはミスではなく、ほとんどが手数料と返金、そして入金サイクルによるものです。仕組みを分けて見れば、毎月きれいに合わせられます。

まず「売上」と「入金」は別物と考える

売上は「注文が入った時点」の金額、入金は「差し引いた後に振り込まれた」金額です。そもそも定義が違うので、そのまま比べても一致しません。ずれる理由は主に次の4つです。

販売・決済手数料:売上から差し引かれる(例:3〜10%)
返金・キャンセル:マイナスとして入金に反映
入金サイクル:売上の月と入金の月がずれる
保留・繰り越し:一定額まで振込されない/翌回へ

つまり 入金額 = 売上 − 手数料 − 返金 ± 繰り越し。この式で説明がつけば、合っています。

数字で見るとこうなる

売上30万円の月が、なぜ26万円の入金になるのか。よくある構成を並べると次のようになります。

項目金額説明
当月の売上300,000円注文ベースの合計
販売手数料−21,000円売上の7%
返金・キャンセル−8,000円当月に処理された分
翌月へ繰り越し−15,000円締め日以降の売上
前月からの繰り越し+4,000円前月の締め後分
実際の入金260,000円すべて説明がつく

「4万円足りない」ではなく、「手数料2.1万・返金0.8万・繰り越しの差1.1万」と分解できれば、それは合っている状態です。

月次で合わせる手順

売上明細と入金明細を落とす

プラットフォームから、その月の売上明細と入金明細をCSVでダウンロードします。片方だけでは合わせられません。

手数料・返金の列を分ける

売上明細から手数料と返金の列を確認し、差引後の金額を出します。列名はサービスごとに違うので、最初の1回だけ丁寧に確認してください。

入金明細と突き合わせる

振込額と照合し、差額の理由(繰り越し・保留)を確認します。ここまでで大半は説明がつきます。

説明できない差額だけを調べる

残ったものだけが本当の調査対象です。ここまで絞れていれば、原因はたいてい注文番号ひとつで見つかります。

手数料や返金の列を自動で判定して差引入金を集計したいときは、入金・売上CSV整理ツール を使うと手計算のミスを減らせます。アップロードしたCSVは集計に使うだけで保存されません。

ポイント: 「合わない金額」を毎回ゼロにしようとしないこと。繰り越しや保留は正常なズレです。説明できない差額だけに集中すると、確認がぐっと早くなります。

2つのファイルの突き合わせ

「売ったのに入金されていない」「身に覚えのない入金がある」を見つけるには、売上ファイルと入金ファイルを注文番号などで突き合わせるのが確実です。件数が多いと目視ではつらいので、売上×入金の突合 で未入金・不明入金を自動で洗い出すと、抜けや二重計上に気づけます。

無料で使えます

入金・売上CSV整理/売上×入金の突合

手数料・返金を自動で判定して差引入金を集計。2ファイルを突き合わせて未入金と不明入金を洗い出します。原本は保存しません。

試してみる

複数モールを使っている場合

モールごとに締め日・入金サイクル・手数料の計算方法が違います。まとめて突き合わせようとすると必ず混乱するので、モール単位で「売上 − 手数料 − 返金 = 入金」が成り立つかを確認し、そのうえで合計してください。

最初の1回だけ、モールごとに「締め日」「入金日」「手数料率」「保留の条件」をメモしておくと、翌月以降は確認だけで済みます。

会計ソフトに渡す前にやっておくこと

freeeやマネーフォワードに取り込む前に、「差引後の入金」「手数料」「返金」を分けておくと、後の仕訳が楽になります。ここで整えておくほど、確定申告前の慌ただしさが減ります。

なお、これらのツールは税務判断や仕訳そのものは行いません。あくまで会計ソフトに入れる前の「まず合っているか」の確認に使ってください。

あわせて読みたい

手数料を価格に織り込む考え方は キャッシュレス手数料の考え方、商品ごとの利益率は ハンドメイド作品の値付け入門 で扱っています。記録の残し方全般は 小規模事業者の記録・台帳の基本 をどうぞ。

よくある質問

売上と入金額が合わないのはなぜ?
多くは販売手数料・決済手数料・返金・翌月繰り越し(保留分)が原因です。売上は「注文が入った時点」、入金は「手数料などを引いた後に振り込まれた金額」なので、そのままでは一致しません。
照合はどのくらいの頻度でやるべき?
月次がおすすめです。入金サイクルに合わせて締めると、未入金や二重計上に早く気づけます。件数が多い月は、入金があった週ごとに軽く確認しておくと締めが楽になります。
会計ソフトに入れる前に整理する意味は?
手数料や返金が混ざったままだと会計ソフト側で仕訳を直す手間が増えます。先に「差引後の入金」と「手数料」を分けておくと、入力ミスや税額のズレを防ぎやすくなります。
複数のモールを使っていると照合が大変です
モールごとに締め日・入金サイクル・手数料の計算方法が違うため、まとめて突き合わせようとすると必ず混乱します。モール単位で「売上−手数料−返金=入金」が成り立つかを確認し、そのうえで合計するのが確実です。
「身に覚えのない入金」があったときは?
まず前月の繰り越し分か、保留が解除された分でないかを確認してください。ほとんどはこの2つです。それでも説明がつかない場合は、注文番号で売上明細を検索し、返金の取り消しや二重計上がないかを見ます。
過去の分をさかのぼって合わせるべき?
まず直近の1か月を合わせて、ズレの構造(手数料率・入金サイクル・保留の条件)を把握するほうが先です。構造が分かってからさかのぼると、数か月分でも一気に片付きます。

この記事で使えるツール

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